A.H. Sturtevant, học trò và cũng là cộng sự của Morgan, đã đề xuất sự liên quan giữa tần số trao đổi chéo (tần số tái tổ hợp) và khoảng cách giữa các gene là cơ sở để lập bản đồ di truyền liên kết. Tần số hoán vị gene phụ thuộc khoảng cách giữa hai gene trên nhiễm sắc thể: Hai gene nằm càng xa nhau trên nhiễm sắc thể thì tần số hoán vị giữa chúng càng cao và ngược lại. Nói cách khác, hai gene càng nằm gần nhau càng có xu hướng di truyền liên kết nhau. Tần số tái tổ hợp 1% tương ứng khoảng cách 1cM (centiMorgan) được gọi là đơn vị bản đồ (m.u.,mapping unit).

Dựa vào bản đồ di truyền ở hình bên, hãy xác định khoảng cách giữa gene quy định thân vàng và gene quy định mắt trắng ở ruồi giấm.

Sơ đồ minh họa một phần bản đồ di truyền nhiễm sắc thể X của ruồi giấm

(chữ số chỉ đơn vị bản đồ) ^{1, 2}

Bệnh mù màu đỏ - lục thường gặp ở nam giới hơn so với ở nữ giới vì: Bệnh mù màu đỏ - lục do gene lặn nằm trên X và không có allele tương ứng trên nhiễm sắc thể Y. Do đó, ở nam giới chỉ cần một allele lặn là đã biểu hiện ra kiểu hình bị bệnh (X^aY) còn ở nữ giới cần hai allele lặn mới biểu hiện ra kiểu hình bị bệnh (X^aX^a), ở trạng thái dị hợp (X^AX^a) thì vẫn biểu hiện kiểu hình bình thường.

Nghiên cứu của Morgan phát hiện di truyền liên kết được ra đời trong bối cảnh:

- Cho đến thập niên 1910, di truyền học Mendel (1865) và sự phát hiện, quan sát nhiễm sắc thể của W. Flemming (1878) là cơ sở cho việc giải thích hiện tượng di truyền các tính trạng ở sinh vật.

- Năm 1909, nhà nghiên cứu tế bào học Frans Janssens quan sát được cấu trúc bắt chéo của nhiễm sắc thể dưới kính hiển vi.

- Năm 1908, khi nghiên cứu ruồi giấm, Morgan đã phát hiện các dòng đột biến về màu mắt và nhiều tính trạng khác.

→ Từ các thí nghiệm lai giữa các dòng ruồi giấm, Morgan và cộng sự đã phát hiện sự di truyền của nhiễm sắc thể giới tính, di truyền liên kết giới tính và hiện tượng liên kết gene.