Liệt kê các vai trò của vi sinh vật trong xử lí chất thải rắn được ứng dụng nhiều trên thế giới.

- Không có vi sinh vật thì rác thải sẽ bị tồn đọng gây ra ô nhiễm môi trường không khí, đất, nước; gây ra mùi hôi thối; chiếm chỗ ở của con người và động thực vật; không xảy ra chu trình chuyển hóa vật chất, dẫn đến giảm lượng mùn, khoáng chất cung cấp cho thực vật;… Bởi vậy, nếu không có vi sinh vật thì sẽ ảnh hưởng nghiêm trọng đến đời sống của các sinh vật trên Trái Đất trong đó có con người.

- Khó có loài sinh vật nào có thể thay thế hoàn toàn vi sinh vật, vì một số chất chỉ có vi sinh vật mới có khả năng tổng hợp được (ví dụ: enzyme nitrogenase chỉ được tổng hợp bởi các vi khuẩn cố định nitrogen,…) hoặc chỉ có vi sinh vật mới có thể thực hiện các quá trình sinh hóa nhất định (oxi hóa sắt,…).

Vi sinh vật có kích thước nhỏ nhưng lại có vai trò rất quan trọng trong cân bằng hệ sinh thái vì: Hầu hết vi sinh vật đều tham gia và đóng vai trò quan trọng trong quá trình chuyển hóa vật chất ở hệ sinh thái. Vi sinh vật không trực tiếp phân hủy các hợp chất hữu cơ mà chỉ tham gia chuyển hóa các hợp chất hữu cơ thành những chất đơn giản như đường, amino acid, lipid,… nhờ enzyme ngoại bào. Do có sự tham gia của vi sinh vật vào quá trình phân giải các chất mà chuỗi thức ăn và lưới năng lượng của hệ sinh thái luôn được duy trì ở trạng thái cân bằng.