Quyền và nghĩa vụ của các chủ thể sử dụng đất trong khu kinh tế giống như các chủ thể khác sử dụng đất theo quy định của pháp luật đất đai.

Vì tùy theo chủ thể được Ban quản lý khu kinh tế giao lại đất hay cho thuê lại đất áp dụng theo khoản 4 điều 151 Luật Đất đai: “4. Người sử dụng đất trong khu kinh tế được đầu tư xây dựng kinh doanh nhà ở, kết cấu hạ tầng, được sản xuất, kinh doanh, hoạt động dịch vụ và có các quyền, nghĩa vụ như sau:
a) Trường hợp được Ban quản lý khu kinh tế giao lại đất trong khu kinh tế thì có các quyền và nghĩa vụ như được Nhà nước giao đất theo quy định của Luật này;
b) Trường hợp được Ban quản lý khu kinh tế cho thuê đất trong khu kinh tế thì có các quyền và nghĩa vụ như được Nhà nước cho thuê đất theo quy định của Luật này.”